В сезоне-2010 «Томь» продолжила своё продвижение. Собственные задачи клуб выполняет планомерно, медленно, но с уверенностью поднимаясь по турнирной лестнице. При неплохой игре томичи сначала заняли 13-е место, затем значительно улучшилось качество их футбола и «Томь» поднялась на 9-ю строчку, а в прошедшем первенстве клуб перешел на 8-ю строчку, повторив своё самое высокое достижение.
Под руководством опытного тренера Валерия Непомнящего сибирский клуб снискал себе репутацию неуступчивой крепкой команды, которая в любом матче может побороться за победу с любым соперником, а особенно на томской арене «Труд». «Томь», поддерживаемая своими болельщиками, набрала в родных стенах в сезоне-2010 24 очка, потерпев поражение три раза. Команда старается дома действовать «первым номером» и стремится поразить ворота соперников. Поэтому в 15 поединках команда огорчила своих гостей 19 раз и столько же порадовала — пропущенных мячей было тоже 19.
Значительно хуже «Томь» выступает на выезде, что типично для провинциальных клубов. В сезоне-2010 команда 10 раз потерпела поражение, на выездах из родного города. Но было и четыре победы: в матчах против «Сатурна», «Ростова», «Крыльев Советов» и «Сибири». В итоге команда Валерия Непомнящего набрала на выезде 13 очков, а это сопоставимо с московским «Динамо». Но за родными стенами пропустили сибиряки целых 24 гола, хотя в матчах «Томи» всегда хватает зрелищности.
Сибирская команда сезон начала ярко, одержав на выезде две победы и вничью сыграв со «Спартаком», «Динамо» и «Зенитом». Только «Рубин» в начале сезона одолел «Томь», умело используя два удаления в составе соперника. Томские болельщткт уже видели их на верхних строчках турнирной таблицы, но ЦСКА и «Локомотив» томичей быстро вернули на место, выиграв на двоих — 5:2. Получив необходимые уроки из игры с грандами, «Томь» выдала три победы подряд — над «Сатурном», «Тереком» и «Спартаком» из Нальчика. Затем после паузы в чемпионате, в «Томи» что-то случилось и «Алания», «Амкар», «Анжи» набрали, не напрягаясь, в матчах против сибиряков по три очка.
В остальном команда чередовала победы с неудачными матчами и финишировала на восьмом месте.